Generalul Lucian Pahonțu, șeful Serviciului de Protecție și Pază din 2005, este vizat de acuzații că ar fi făcut parte din Trupele de Securitate ale regimului Ceaușescu. Investigația susține că el ar fi fost prezent în noaptea de 21 decembrie 1989, în calitate de comandant de pluton, în zona fostului hotel Intercontinental din București, unde manifestațiile au fost reprimate violent. Relatările susțin că Pahonțu ar fi participat și la represiunea din Piața Universității, precum și la intervențiile în forță din timpul mineriadei din 13–15 iunie 1990. Investigația invocă documente și mărturii și ridică întrebări despre eventualele sale legături cu Securitatea. O relatare ulterioară susține că documentele care ar putea clarifica activitatea sa legată de fosta Securitate și presupusa implicare în masacrul din 21 decembrie s-ar afla în arhiva Jandarmeriei Române, că nu ar fi fost transmise CNSAS și că instituția nu le-ar fi solicitat. Generalul (rtr) Ioan Dan, fost șef-adjunct al Parchetelor Militare și procuror care a coordonat la începutul anilor ’90 Dosarul Revoluției Române din Decembrie 1989, a declarat că Trupele de Securitate nu au tras în oameni, deși primiseră ordin. Partidul REPER a condamnat menținerea lui Pahonțu la conducerea SPP, iar fostul președinte Traian Băsescu, care l-a numit în funcție în 2005, a cerut plecarea sa. Președintele Nicușor Dan a respins acuzațiile și a afirmat că Pahonțu nu se află printre persoanele care au participat la reprimarea manifestanților în timpul Revoluției din 1989. El a spus că orice persoană care a reprimat manifestații nu are ce căuta într-o funcție înaltă, dar că Pahonțu nu se află în această situație, și a criticat titlul investigației ca fiind nejustificat de conținut.