Pe 16 septembrie 2025 Comitetul Executiv al Federaţiei Moldovenești de Fotbal (FMF) a aprobat în unanimitate numirea lui Lilian Popescu în funcţia de selecţioner al naţionalei de fotbal a Moldovei. Decizia vine la câteva zile după înfrângerea istorică a Moldovei, 1-11 cu Norvegia, din preliminariile CM 2026, rezultat în urma căruia fostul selecționer Serghei Cleșcenco şi-a înaintat demisia pe 11 septembrie. Popescu, în vârstă de 51 de ani, va rămâne, cel puțin până iarnă, și în rolul de manager sportiv la clubul Petrocub, conform anunţului oficial al FMF. Debutul său pe banca tehnică a reprezentativei este programat pentru 9 octombrie, într-un amical la București contra României. Anunțul oficial al FMF subliniază că numirea a fost votată cu unanimitate și are ca scop reconstrucția echipei după rezultatul sever din preliminarii; declarațiile conducerii FMF au punctat necesitatea unui „nou început” și a unei echipe competitive pentru următoarele meciuri oficiale. În comunicările din ziua numirii s-a precizat calendarul imediat — participarea la amicalul din 9 octombrie — și faptul că atribuțiile lui Popescu la Petrocub vor continua temporar până la clarificarea tuturor detaliilor contractuale.